Die Therapie der Dünndarmfehlbesiedlung erfolgt in mehreren Phasen. Zunächst steht die Elimination der fehlbesiedelten Bakterien im Vordergrund. Hierfür steht die Behandlung mit synthetischen Antibiotika, die Gabe von pflanzlichen Antibiotika sowie die Eliminationsdiät zur Verfügung. Um ein Rezidiv zu vermeiden, muss immer auch der Auslöser der Dünndarmfehlbesiedlung gefunden und behandelt werden. Triggerfaktoren wie ein Mangel an Magensäure oder ein Enzymmangel müssen behandelt werden. Wichtig ist auch immer ein Ausgleich nutritiver Mangelzustände wie ein Proteinmangel, ein Mineralstoffmangel oder ein Mangel insbesondere an den fettlöslichen Vitamine A, D, E und K.
